Родился в селе Блонь Минской губернии в белорусской семье крестьянина-бедняка. Работать начал с 14 лет. С 1923 г. комсомолец, в 1925 г. вступил в коммунистическую партию. В 1923-30 гг. работал слесарем-строгальщиком на заводе «Красный богатырь» в Москве. Без отрыва от производства окончил фабрично-заводскую школу и вечерний рабфак им. Тимирязева. В 1930 г. в счет парттысячи был направлен на учебу в МВТУ им. Баумана, который отлично закончил в 1934 г.
После окончания МВТУ направлен на работу в Центральный аэрогидродинамический институт им. Жуковского НК авиационной промышленности, где последовательно занимал должности старшего конструктора, главного инженера отдела и затем Института.
В 1940 г. Наркоматом авиационной прормышленности был командирован в США для участия в работах по конструированию, испытанию и приемке уникальных установок, необходимых для оборудования строящихся аэродинамических труб. Основной деятельностью Онуфрия Прокофьевича в этот период было руководство работами по строительству нового комплекса аэродинамических труб, отвечающих современным техническим требованиям. В период Великой Отечественной войны Ковальчук выполнял большую и сложную работу, будучи директором завода № 631, а затем завода № 696 Наркомата авиационной промышленности в Москве. По решению Правительства в Москве были смонтированы линии для производства войсковой связной радиоаппаратуры и организован выпуск боеприпасов. В короткий срок, за 4 месяца, завод начал производить продукцию, необходимую фронту.
В мае 1945 г. О.П. Ковальчук был направлен решением ЦК ВКП (б) в Белоруссию, где работал инструктором промышленного отдела ЦК КП (б), а в августе был выдвинут на работу помощником 3-го секретаря ЦК КП (б) Белоруссии. В конце 1946 г. был откомандирован в распоряжение ЦК ВКП (б) и направлен в НИИ п/я 919 Министерства авиационной промышленности, где он работал заместителем начальника инструкторского отдела. В 1947 г. был переведен на работу в Управление Делами СМ СССР и назначен помощником Заведующего Секретариатом СМ СССР. Его деятельность в этот период была связана со становлением и развитием реактивной авиации и радиолокационной промышленности. В 1955-58 гг. работал в Госплане СССР и в НИИ п/я 919 (заместитель начальника комплекса и зам. начальника лаборатории). В 1958 г. направлен в СЭВ на должность эксперта в отдел оборонной промышленности. Многократно участвовал в работе Постоянной комиссии СЭВ и ее органов в СССР и социалистических странах Европы.
В 1959 г. семья Ковальчуков переехала в дом на набережной.
В 1972 г. Онуфрий Прокофьевич ушел на пенсию. Умер О.П. Ковальчук в 1983 году.